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  • Writer's pictureAlice Meraviglia

Secuencias del genoma del coronavirus eliminadas desatan una intriga científica

Updated: Jan 23, 2022

Secuencias parciales del SARS-CoV-2 de los primeros brotes en Wuhan fueron eliminadas de una base de datos del gobierno estadounidense por los científicos que las ingresaron


Por Ewen Callaway, revista Nature, 25 de junio de 2021


Los esfuerzos por estudiar las primeras etapas de la pandemia de coronavirus han recibido ayuda de una fuente inesperada. Un biólogo de Estados Unidos ha "excavado" secuencias parciales del genoma del SARS-CoV-2 provenientes de sus inicios en el probable epicentro de la pandemia en Wuhan (China), que fueron archivadas -pero posteriormente retiradas- de una base de datos del gobierno estadounidense.


Las secuencias parciales del genoma abordan un enigma evolutivo sobre la primera diversidad genética del coronavirus SARS-CoV-2, aunque los científicos subrayan que no arrojan luz sobre sus orígenes. Tampoco está del todo claro por qué los investigadores de la Universidad de Wuhan pidieron que se retiraran las secuencias del Sequence Read Archive (SRA), un repositorio de datos de secuenciación en bruto mantenido por el National Center for Biotechnology Information (NCBI), que forma parte de los National Institute of Health (NIH) de EE.UU.


"Estas secuencias son informativas, no transformadoras", afirma Jesse Bloom, genetista de la evolución viral del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson de Seattle (Washington), que describe en un preprint del 22 de junio cómo recuperó las secuencias.


Bloom descubrió las secuencias tras buscar datos genómicos de las primeras etapas de la pandemia. Un artículo de investigación de mayo de 2020 contenía una tabla de datos de secuencias disponibles públicamente, que incluía entradas que Bloom no había encontrado. Las secuencias estaban asociadas a un artículo en el que los investigadores utilizaban la tecnología de secuenciación por nanoporos para detectar material genético del SARS-CoV-2 en muestras de personas. Ese estudio se publicó en la revista Small en junio de 2020, habiendo sido publicado en bioRxiv en marzo de ese año.


Cuando Bloom buscó las secuencias en la SRA utilizando los detalles que aparecían en el artículo de mayo de 2020, la base de datos no devolvió ninguna entrada. La SRA guarda las secuencias en un almacenamiento en la nube mantenido por Google, y Bloom se preguntó si podría encontrar versiones archivadas de las secuencias en servidores en la nube. Este enfoque funcionó, y Bloom pudo recuperar los datos de 50 muestras, 13 de las cuales contenían suficientes datos en bruto para generar secuencias parciales del genoma.


Misterio evolutivo


Las secuencias ayudan a resolver un misterio evolutivo sobre las primeras etapas de la pandemia, dice Bloom. Las primeras secuencias víricas de Wuhan proceden de individuos vinculados al mercado de marisco de Huanan de la ciudad en diciembre de 2019, que inicialmente se pensó que era el lugar donde el coronavirus saltó por primera vez de los animales a las personas. Pero las secuencias del mercado de mariscos están más distanciadas de los parientes más cercanos del SARS-CoV-2 en los murciélagos -el origen último más probable del virus- que las secuencias posteriores, incluida una recogida en Estados Unidos.


Eso fue sorprendente, dice Bloom, porque se esperaría que los virus de las primeras etapas de la epidemia de Wuhan estuvieran más estrechamente relacionados con los parientes del SARS-CoV-2 que infectan a los murciélagos. Las secuencias recuperadas, que probablemente se recogieron en enero y febrero de 2020, demuestran que es así: están más estrechamente relacionadas con los virus de los murciélagos que las secuencias de las personas vinculadas al mercado de marisco.


Esto se suma a un creciente cuerpo de evidencia, incluyendo informes de casos probables que datan de noviembre de 2019, que los primeros casos humanos de COVID-19 no estaban asociados con el mercado de mariscos de Huanan, dicen Bloom y otros científicos.


"Para mí, era como si el mercado de Wuhan fuera uno de los primeros eventos de súper propagación", dice Sudhir Kumar, un genetista evolutivo de la Universidad de Temple en Filadelfia, Pensilvania. Las secuencias que Bloom desenterró, añade, sugieren que el SARS-CoV-2 desarrolló una enorme diversidad en las primeras etapas de la pandemia en China, incluso en Wuhan.


Stephen Goldstein, virólogo de la Universidad de Utah en Salt Lake City, señala que las secuencias recuperadas por Bloom no estaban ocultas: están descritas en detalle, con suficiente información sobre la secuencia para conocer su relación evolutiva con otras secuencias tempranas del SARS-CoV-2, en el artículo de Small. "No creo que este preimpreso nos diga muchas cosas nuevas, pero sí saca a la luz datos de secuencias que han estado disponibles públicamente, aunque bajo el radar", dice Goldstein.


Bloom afirma que, aunque las secuencias se publicaron, su retirada de la SRA hizo que pocos científicos las conocieran. Un informe encargado por la Organización Mundial de la Salud sobre los orígenes de la pandemia no incluyó las secuencias en un análisis evolutivo de los primeros datos del SARS-CoV-2. "Nadie se dio cuenta de que existían", afirma Bloom.


Los autores correspondientes del artículo de Small no respondieron a las preguntas del equipo de noticias de Nature sobre por qué pidieron que se eliminaran las secuencias de la SRA, lo que ocurrió antes de que se publicara el artículo. En un comunicado, el NIH dijo que había retirado los datos a petición de los investigadores, que dijeron que planeaban enviarlos a otra base de datos.


Bloom -que es coautor de una carta en la que se pide una nueva investigación sobre los orígenes de la pandemia, incluida la posibilidad de que el virus se escapara o se filtrara de un laboratorio- dice que su estudio no arroja luz sobre los orígenes de la pandemia, ni sobre por qué se eliminaron las secuencias. Pero espera que sus esfuerzos animen a los investigadores a "pensar más allá" y a buscar otras fuentes, como los datos de archivo, para obtener más información de los primeros días de la pandemia. "Probablemente haya más datos por ahí", afirma.


Este artículo se reproduce con permiso y se publicó por primera vez el 24 de junio de 2021 ( https://www.nature.com/articles/d41586-021-01731-3 )
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